K-mer

释义 Definition

k-mer：在生物信息学中指长度为 k 的核苷酸（或氨基酸）序列片段（即由连续 k 个字符组成的子串）。常用于基因组比对、错误校正、变异检测与（de Bruijn 图）组装等。（也可类比语言学里的 n-gram。）

发音 Pronunciation (IPA)

/ˈkeɪ mɜːr/

例句 Examples

A k-mer is a DNA substring of length k.
k-mer 是长度为 k 的 DNA 子串。

Choosing the right k-mer size can greatly affect genome assembly accuracy and speed.
选择合适的 k-mer 长度会显著影响基因组组装的准确性与速度。

词源 Etymology

k-mer 来自 “k + -mer”。其中 k 表示长度参数（一个变量），**-mer** 源自希腊语 meros（意为“部分/片段”），在化学与生物学术语中常用来表示“单位/片段”（如 polymer 聚合物）。因此 k-mer 直译就是“长度为 k 的片段”。

相关词 Related Words

• Assembly
• Bioinformatics
• De Bruijn Graph
• Genome
• N-gram
• Oligonucleotide
• Read
• Sequencing

文献与作品 Literary / Notable Works

• Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach（Phillip Compeau & Pavel Pevzner）
• “Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs”（Zerbino & Birney, 2008）
• “ABySS: A parallel assembler for short read sequence data”（Simpson et al., 2009）