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V2EX  ›  问与答

根据序列相似性把序列进行分组

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  •   l0o0 · 2017-06-05 23:20:59 +08:00 · 886 次点击
    这是一个创建于 963 天前的主题,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。

    大家好,我有同学做数据分析的时候,遇到一个问题,感觉比较复杂,已经超出我们生物专业的所以解决的范围了,所以来这里请教大家给一些建议。

    假设有一小段 DNA 序列,这个序列有 8 个碱基(也就是 8 个字符)。碱基一共有 4 种,分别是 ATCG。现在这样的序列有 16645 条,这些序列之间不完全相同。我们想把这些序列按照序列相似度进行分组,要求

    1. 组内每条序列之间在相同的位置上,碱基相同的数目不超过 4 个
    2. 需要把序列分成 10 组
    3. 每组序列内的数目尽可能的多

    因为我们生物专业经常实验的多,对于算法的不是很明白。如果对上面的问题有想法的话,请麻烦详细说明一下。谢谢大家

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