V2EX = way to explore
V2EX 是一个关于分享和探索的地方
现在注册
已注册用户请  登录
推荐学习书目
Learn Python the Hard Way
Python Sites
PyPI - Python Package Index
http://diveintopython.org/toc/index.html
Pocoo
值得关注的项目
PyPy
Celery
Jinja2
Read the Docs
gevent
pyenv
virtualenv
Stackless Python
Beautiful Soup
结巴中文分词
Green Unicorn
Sentry
Shovel
Pyflakes
pytest
Python 编程
pep8 Checker
Styles
PEP 8
Google Python Style Guide
Code Style from The Hitchhiker's Guide
bccber
V2EX  ›  Python

Python + pandas + chunksize 如何分块 分组 再汇总统计?

  •  
  •   bccber · 2017-08-10 15:28:43 +08:00 · 5288 次点击
    这是一个创建于 2444 天前的主题,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。
    有一个很大的文件 内容是一行一个 MD5 值 我需要统计每个 MD5 出现的次数
    如果直接 pandas.read_csv 会 MemoryError
    一行一行读+字典 也行 但不是我要的

    怎么使用 分块读取 然后分组统计再汇总?
    loop = True
    chunkSize = 100000
    chunks = []

    while loop:
    try:
    chunk = data.get_chunk(chunkSize)
    chunks.append(chunk)
    except StopIteration:
    loop = False
    print("Iteration is stopped.")

    df = pd.concat(chunks, ignore_index=True)
    8 条回复    2017-08-10 19:44:57 +08:00
    ferstar
        1
    ferstar  
       2017-08-10 16:03:15 +08:00
    刚好手上有个类似的数据集,唯一与楼主不同的是每一行是一个[100, 150]的整数,我是这样统计的:
    ---
    ```python
    from collections import Counter

    import pandas as pd

    size = 2 ** 10
    counter = Counter()
    for chunk in pd.read_csv('file.csv', header=None, chunksize=size):
    counter.update([i[0] for i in chunk.values])

    print(counter)

    ```
    ---
    大概输出如下:
    ```
    Counter({100: 41,
    101: 40,
    102: 40,
    ...
    150: 35})
    ```
    caomaocao
        2
    caomaocao  
       2017-08-10 16:33:30 +08:00
    Counter() 或者 Mapreduce 的思想做哦~
    chuanqirenwu
        3
    chuanqirenwu  
       2017-08-10 19:18:38 +08:00
    dask 一行搞定。

    dd.groupby().count(),和 pandas 一样的 API,但是把 fill in memory 拓展到 fill in disk。
    zhusimaji
        4
    zhusimaji  
       2017-08-10 19:22:59 +08:00 via iPhone
    Counter 可以试试,有分布式观景首选 mapreduce
    zhusimaji
        5
    zhusimaji  
       2017-08-10 19:24:08 +08:00 via iPhone
    分布式环境
    zhusimaji
        6
    zhusimaji  
       2017-08-10 19:33:11 +08:00 via iPhone
    @chuanqirenwu 学习新姿势,一般数据量大都是实用 spark 完成计算,刚去看了下 dask,不错的包
    liprais
        7
    liprais  
       2017-08-10 19:43:35 +08:00 via iPhone
    sort | uniq -c
    notsobad
        8
    notsobad  
       2017-08-10 19:44:57 +08:00
    用 shell 比较简单

    cat x.txt | sort | uniq -c
    关于   ·   帮助文档   ·   博客   ·   API   ·   FAQ   ·   我们的愿景   ·   实用小工具   ·   1370 人在线   最高记录 6543   ·     Select Language
    创意工作者们的社区
    World is powered by solitude
    VERSION: 3.9.8.5 · 22ms · UTC 00:00 · PVG 08:00 · LAX 17:00 · JFK 20:00
    Developed with CodeLauncher
    ♥ Do have faith in what you're doing.