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我个人理解的后端框架其实主要分三大部分
1 、orm：，因为我是从最早那批过来的，已经习惯手写 sql 了，所以这个我觉得可有可无，对于我来说。orm 只能简化数据插入和修改的操作

2 、路由和模板：这部分还是比较重要 业务逻辑部分都是必须的

3 、IoC 容器：高级的抽象，这部分 php 应该用不到

php 其实非常适合中小型项目，没有那么多的抽象和业务逻辑，所以 orm 和 ioc 这部分基本可以不要

我前几年做过几个 php 项目，就写了个简单的框架，自己用的非常好：
orm 直接用 pdo 代替，自己在封装一些 helper 函数，这样增删改查就方便了
路由部分我仿造 java 的注解，用反射获取 php 类的注释自动生成 rewrite 文件，也就相当于是自动路由了
模板也是直接用的 php 的语法直接 include 就可以了，不需要其他的第三方库
直接用 autoload 按照规则命名好文件后自动加载不仅自己看着方便，也算半个 ioc 了

因为用的不多，所以没觉得第三方框架有什么好，对于第三方框架我就觉得 Yaf 挺好的，哈

mysql 的 innodb 是必须的，其他的数据库可以建议，我个人只对 MySQL 比较了解，供你参考：
InnoDB 引擎表是基于 B+树的索引组织表；
InnoDB 会选择主键作为聚集索引、如果没有显式定义主键，则 InnoDB 会选择第一个不包含有 NULL 值的唯一索引作为主键索引；
数据记录本身被存于主索引（一颗 B+Tree ）的叶子节点上。这就要求同一个叶子节点内（大小为一个内存页或磁盘页）的各条数据记录按主键顺序存放，因此每当有一条新的记录插入时，MySQL 会根据其主键将其插入适当的节点和位置，如果页面达到装载因子（ InnoDB 默认为 15/16 ），则开辟一个新的页（节点）

如果表使用自增主键，那么每次插入新的记录，记录就会顺序添加到当前索引节点的后续位置，当一页写满，就会自动开辟一个新的页；

如果使用非自增主键（如果身份证号或学号等），由于每次插入主键的值近似于随机，因此每次新纪录都要被插到现有索引页得中间某个位置，此时 MySQL 不得不为了将新记录插到合适位置而移动数据，甚至目标页面可能已经被回写到磁盘上而从缓存中清掉，此时又要从磁盘上读回来，这增加了很多开销，同时频繁的移动、分页操作造成了大量的碎片，得到了不够紧凑的索引结构，后续不得不通过 OPTIMIZE TABLE 来重建表并优化填充页面；

以上是《高性能 MySQL 》中的原话

大概意思就是：InnoDB 表的数据写入顺序能和 B+树索引的叶子节点顺序一致的话，这时候存取效率是最高的，而主键可能不是递增关系时(例如字符串、UUID、多字段联合唯一索引的情况)，该表的存取效率就会比较差。

所以一般 mysql 又用 innodb 的情况下一律加上自增 id，如果你说的两个表，B 表是 A 表的附属表，B 表的 ID 可以不设置自增，直接存 A 表的 ID 作为主键即可

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