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coolwulf
V2EX  ›  分享创造

在 D 版发过了,不过因为不少朋友看不到 D 版,我就放在这里吧,说说我最近做的这个 Project

  coolwulf · 2018-06-13 05:39:11 +08:00 · 37361 次点击
这是一个创建于 1633 天前的主题,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。

去年的时候,我一个在芝加哥比我小几级的南京大学校友去世了。乳腺癌,发现得晚了,才 34 岁,留下了一个 4 岁的孩子。非常可惜。想想能不能做点什么事情可以帮助大众来提高乳腺癌的早期检测成功率。因为如果在 stage 1 发现乳腺癌的话,5 年存活率是 99%。

想想能否写一个完全免费的网站和 ios app 来让用户可以迅速得到 X-ray Mammogram 的诊断结果。至少可以是 2nd Opinion. 因为用户做完 Mammography 之后有时候需要等好几天才能有 Radiologist 来读片子。而且现在 Radiologist 有 20% 的概率会漏掉早期的肿瘤。我决定用 Deep Learning (深度学习) 来做这件事情。

对于一个足够好的 Deep Learning Model, 一是要有足够多的数据 (即使是做 Transfer Learning 的情况下), 二是要有足够强大的计算力。为了做成这件事情,我在本地搭建了一个 50 个 Nvidia Geforce GTX 1080 Ti 的 GPU cluster, 这是搭成之后的硬件:

有了硬件之后就是设计 Model 和收集数据。我从北美和欧洲的几个研究组获取了 Annotated Breast Mammo 的数据。这些 Annotation 大多都是根据北美 ABR certified 的 Radiologist 做出的。也就是如果这个 Model 能够训练好,就可以达到 ABR Certified Radiologist 的 Reading 的平均水平或者更好。

最终的结果我在欧洲的 InBreast 数据上做了测试,达到了 90% 的准确度 (AUC).

我觉得这个 Model 已经可以给大众实用了,在这里公开出来:

http://neuralrad.com

你可以直接上传 .jpg 形式的 Mammo 图片,这个 AI 会给出判断结果. 这是 Screenshot:

这个网站是完全免费使用的。我现在还在继续更新和改进 Model, 也在联系国内的几家医院来合作来获取更多的数据来 Training.

University of Kentucky Hospital 和国内的一家合作公司已经在测试了这个模型

乳腺癌检查去年有个全世界竞赛,他们先用这个竞赛获得第二名程序测试了 MIAS 数据,漏了 10 个 case, 然后他们用我的网站测试了一下,只漏了一个

这个第二名程序发表了一篇自然杂志的论文:

https://www.nature.com/articles/s41598-018-22437-z

这两天,我也公布了完全免费的桌面版本,支持读取和浏览 dicom 文件,并自动转换 Normalize for AI analysis. 在 InBreast 的 Dicom 数据上 AUC (准确率)大概 93%。桌面版本截图:

下载地址就在网页主页上。

[06/12/2018 更新] NeuralRad Mammo AI 桌面版本更新到了 1.2, 修复 dicom/jpg 文件路径有中文或者空格导致无法返回正确结果的问题。依然从主页 http://neuralrad.com 免费下载

第 1 条附言  ·  2018-07-18 03:08:25 +08:00
[07/17 更新 桌面版本 1.4]

+ 修复标注的一个 bug
+ 标注保存文件 annotation.txt 保存在图像当前目录下
312 条回复    2022-06-01 16:48:04 +08:00
1  2  3  4  
vegito2002
    1
vegito2002  
   2018-06-13 05:40:59 +08:00   ❤️ 12
V 站卧虎藏龙说的就是楼主这样的人了. 支持一下
vegito2002
    2
vegito2002  
   2018-06-13 05:42:21 +08:00   ❤️ 7
楼主考虑过联系学界的朋友发个文章吗? 感觉很有利于推广
ynyounuo
    3
ynyounuo  
   2018-06-13 06:03:33 +08:00 via iPhone
哇,this is something
ech0x
    4
ech0x  
   2018-06-13 06:13:32 +08:00 via iPhone
这个真的好厉害。
Baymaxbowen
    5
Baymaxbowen  
   2018-06-13 06:30:58 +08:00 via Android
真的很赞
towser
    6
towser  
   2018-06-13 06:36:51 +08:00
可以说是科技之光了
WildCat
    7
WildCat  
   2018-06-13 06:43:38 +08:00
给楼主献上膝盖,50x 1080Ti + 这么大的房子 + free

佩服。

看了下楼主的经历,真大佬
airyland
    8
airyland  
   2018-06-13 07:19:59 +08:00 via iPhone
佩服 👍
cnkiller
    9
cnkiller  
   2018-06-13 07:24:16 +08:00 via Android
d 版观光团路过
RyuZheng
    10
RyuZheng  
   2018-06-13 07:43:14 +08:00 via iPhone   ❤️ 2
厉害👍🏻,虽然免费开放,但楼主应该考虑发科研 paper 或者申请专利,你虽然可以免费,但是如果别人根据你的成果,仿制一个,或者收费,你可能无法保护自己的成果。
qdwang
    11
qdwang  
   2018-06-13 07:52:18 +08:00 via iPhone
感谢楼主,不知道推广到其他不同类型的疾病难度有多大呢?
agdhole
    12
agdhole  
   2018-06-13 08:00:37 +08:00
👍厉害
exp1ore
    13
exp1ore  
   2018-06-13 08:05:29 +08:00
感谢
thinkIn
    14
thinkIn  
   2018-06-13 08:08:56 +08:00 via iPhone
真大佬!
Daming
    15
Daming  
   2018-06-13 08:09:13 +08:00 via Android
赞一个,希望后面能推广到其他疾病的前期检测。
Willjim
    16
Willjim  
   2018-06-13 08:11:57 +08:00 via Android
楼主这样真的太强了,用技术拯救世界。
Gran1987
    17
Gran1987  
   2018-06-13 08:18:56 +08:00 via iPhone
谢谢!
anyclue
    18
anyclue  
   2018-06-13 08:21:29 +08:00
是贫穷限制了我的想象力
blessme
    19
blessme  
   2018-06-13 08:22:04 +08:00
50 张电老虎,功耗多大?
codingadog
    20
codingadog  
   2018-06-13 08:29:20 +08:00 via Android
赞大佬哇👍
打个岔,如果做大了注意政策风险,就我所知国内医疗数据这一块,IBM 的沃森都动不了
lxy42
    21
lxy42  
   2018-06-13 08:38:03 +08:00 via Android
awesome
UnPace
    22
UnPace  
   2018-06-13 08:40:55 +08:00
支持,这样的创造太棒了
Removable
    23
Removable  
   2018-06-13 08:42:03 +08:00
给大佬赞一个!

顺便问一下啥是 D 版?
ebony0319
    24
ebony0319  
   2018-06-13 08:45:02 +08:00
真的好厉害!
wingkou
    25
wingkou  
   2018-06-13 08:45:26 +08:00 via Android
赞👍
SamaelWang
    26
SamaelWang  
   2018-06-13 08:45:50 +08:00 via Android
支持一下,加油
reeco
    27
reeco  
   2018-06-13 08:49:25 +08:00 via iPhone
👍🏻
HBpencil
    28
HBpencil  
   2018-06-13 08:50:45 +08:00 via Android
好厉害
zj299792458
    29
zj299792458  
   2018-06-13 08:51:06 +08:00 via iPhone
有钱,任性……
taifus
    30
taifus  
   2018-06-13 08:53:20 +08:00 via Android
支持 🎈
torment5524
    31
torment5524  
   2018-06-13 08:57:28 +08:00
科技造福人类,感谢题主。
看片子全靠人工经验确实会带来不少悲剧。
golmic
    32
golmic  
   2018-06-13 08:59:33 +08:00 via Android
感谢楼主~
zhou00
    33
zhou00  
   2018-06-13 08:59:37 +08:00
感谢大佬做出的贡献!
alect
    34
alect  
   2018-06-13 09:01:48 +08:00
膜拜下大佬!
asaxing
    35
asaxing  
   2018-06-13 09:03:36 +08:00 via Android
感觉这才是极客应该做的,虽然用不到,但还是感谢楼主
Tarkky
    36
Tarkky  
   2018-06-13 09:05:24 +08:00 via Android
LZ 好厉害。支持
maichael
    37
maichael  
   2018-06-13 09:07:20 +08:00
支持。
youxiachai
    38
youxiachai  
   2018-06-13 09:09:15 +08:00   ❤️ 1
@Removable hi-pda... 一个有快 20 年历史的论坛了..
abowloflrf
    39
abowloflrf  
   2018-06-13 09:09:59 +08:00 via iPhone
太棒了
dudu431
    40
dudu431  
   2018-06-13 09:15:51 +08:00
服气,支持。
Verydiao
    41
Verydiao  
   2018-06-13 09:18:46 +08:00
同样是 1080,有的用来游戏,有的用来挖矿......传说中的活菩萨就是大佬你了。。。用技术造福人类的典型。
patx
    42
patx  
   2018-06-13 09:19:39 +08:00 via Android
佩服大神有能力为社会贡献价值
wjm2038
    43
wjm2038  
   2018-06-13 09:25:06 +08:00 via Android
真的牛逼
Pepsigold
    44
Pepsigold  
   2018-06-13 09:25:17 +08:00
虽然免费开放,但楼主应该考虑发科研 paper 或者申请专利,你虽然可以免费,但是如果别人根据你的成果,仿制一个,或者收费,你可能无法保护自己的成果。

同样建议!!!
ccl945
    45
ccl945  
   2018-06-13 09:33:29 +08:00
来自 D 版的大佬
lovestudykid
    46
lovestudykid  
   2018-06-13 09:40:06 +08:00
不是说还不如人工么,吴恩达都被 diss 了
venhow
    47
venhow  
   2018-06-13 10:02:26 +08:00
厉害。
qinxi
    48
qinxi  
   2018-06-13 10:15:42 +08:00
厉害了我的哥
EVJohn
    49
EVJohn  
   2018-06-13 10:28:59 +08:00
可以 donate 吗
xjoker
    50
xjoker  
   2018-06-13 10:36:55 +08:00
厉害了大佬
onlyice
    51
onlyice  
   2018-06-13 10:37:30 +08:00
感谢楼主,我的回复虽然很水,但是这种帖子必须支持
xiaket
    52
xiaket  
   2018-06-13 10:38:02 +08:00
话说那位 nju 校友可是 01chem 的 zh?
ke1e
    53
ke1e  
   2018-06-13 10:38:17 +08:00 via Android
真正的回报社会
ha0719
    54
ha0719  
   2018-06-13 10:38:25 +08:00
牛逼
woyao
    55
woyao  
   2018-06-13 10:41:02 +08:00
人类未来的希望
ichirou
    56
ichirou  
   2018-06-13 10:42:56 +08:00
厉害了大佬
Felldeadbird
    57
Felldeadbird  
   2018-06-13 10:43:15 +08:00
大佬真的为人类做出了贡献啊!
Cambrian07
    58
Cambrian07  
   2018-06-13 10:43:45 +08:00 via Android
真的很厉害了,一定要发 paper 之类的
littleylv
    59
littleylv  
   2018-06-13 10:45:21 +08:00
真丶大佬,膜拜
lijsh
    60
lijsh  
   2018-06-13 10:47:03 +08:00
从 D 版追随而来,楼主加油。
qq976739120
    61
qq976739120  
   2018-06-13 10:48:05 +08:00
支持楼主这样的人才
dbsquirrel
    62
dbsquirrel  
   2018-06-13 10:48:59 +08:00 via iPhone
牛逼……
imnpc
    63
imnpc  
   2018-06-13 10:52:53 +08:00
这个 是真正的牛 X 项目啊
hansnow
    64
hansnow  
   2018-06-13 10:55:47 +08:00
来自 D 版带着♥
green15
    65
green15  
   2018-06-13 10:58:21 +08:00 via iPhone
达则兼济天下,楼主是我学习的榜样
wha2020
    66
wha2020  
   2018-06-13 11:01:36 +08:00
真正的科技改变生活,钦佩
yybeta
    67
yybeta  
   2018-06-13 11:06:08 +08:00
佩服!为你点赞!
wvc
    68
wvc  
   2018-06-13 11:07:25 +08:00
那些整天炫耀自己的超算多快多牛逼的脸红不?牛逼应该体现在实用上,而不是数据。为楼主点赞!
kidding
    69
kidding  
   2018-06-13 11:08:21 +08:00
哇 dalao
真的厉害
alexsunxl
    70
alexsunxl  
   2018-06-13 11:08:51 +08:00
默默的点个收藏先
ayanamist
    71
ayanamist  
   2018-06-13 11:09:33 +08:00
机器学习阅片这事,国内好像都已经搞过比赛了。另外好几天才有人阅片,也是国外特色。楼主这帖子,更适合去 reddit 宣传……
haiyangcn
    72
haiyangcn  
   2018-06-13 11:11:22 +08:00
膜拜一下
wupher
    73
wupher  
   2018-06-13 11:11:46 +08:00
了不起!
droiz
    74
droiz  
   2018-06-13 11:12:58 +08:00
支持楼主!!!
Pepsigold
    75
Pepsigold  
   2018-06-13 11:15:10 +08:00   ❤️ 1
qcloud
    76
qcloud  
   2018-06-13 11:18:17 +08:00
了不起!
EVAb00
    77
EVAb00  
   2018-06-13 11:21:06 +08:00
厉害了,赞一个。
tiiime
    78
tiiime  
   2018-06-13 11:23:16 +08:00
想帮忙写 app
bullettrain1433
    79
bullettrain1433  
   2018-06-13 11:23:38 +08:00
支持楼主!!!
youngxu
    80
youngxu  
   2018-06-13 11:24:14 +08:00 via Android
lz 也是南大校友?用现在数理大类的话讲,nb !
butterflydog
    81
butterflydog  
   2018-06-13 11:24:52 +08:00
赞一个
breaklayer
    82
breaklayer  
   2018-06-13 11:29:30 +08:00
you are so cool
xxhjkl
    83
xxhjkl  
   2018-06-13 11:34:59 +08:00
显卡看病牛 XXXXXX
ScotGu
    84
ScotGu  
   2018-06-13 11:41:05 +08:00
了不起的事情!
通过创意来造福社会。
keepit
    85
keepit  
   2018-06-13 11:41:17 +08:00
膜拜大佬
deepurple
    86
deepurple  
   2018-06-13 11:43:37 +08:00
This is so fucking cool
cat9life
    87
cat9life  
   2018-06-13 11:43:59 +08:00
支持!大佬牛掰
RangerWolf
    88
RangerWolf  
   2018-06-13 11:44:01 +08:00
佩服 膜拜
abmin521
    89
abmin521  
   2018-06-13 11:46:00 +08:00
支持

后期能添加主机,利用一下别人闲置的 GPU 也是可以的
li746224
    90
li746224  
   2018-06-13 11:46:38 +08:00
支持
icekingcy
    91
icekingcy  
   2018-06-13 11:54:13 +08:00 via iPhone
支持!
coolwulf
    92
coolwulf  
OP
   2018-06-13 12:05:02 +08:00   ❤️ 6
刚刚 CCF 那边有朋友通知我了才知道。想想上次上 CB 的新闻可能都超过十年了。希望这个免费网站和 Model 能够给国内的 Breast cancer early diagnostic 带来一点作用吧。那这几个月的工作就没有白费。
carakan
    93
carakan  
   2018-06-13 12:06:57 +08:00 via Android
给大佬点个赞。。顺便首下我的膝盖
boris1993
    94
boris1993  
   2018-06-13 12:16:17 +08:00 via Android
大佬大佬,赞一个,精神支持
另外留心保护自己的成果
banxi1988
    95
banxi1988  
   2018-06-13 12:23:22 +08:00
叹为观止。
fate
    96
fate  
   2018-06-13 12:23:50 +08:00
赞赞赞
riciny
    97
riciny  
   2018-06-13 12:26:17 +08:00
大神 NB,赞一个
plidezus
    98
plidezus  
   2018-06-13 12:28:03 +08:00   ❤️ 28
Hi,coolwulf

我是丁香园的首席产品架构师少楠,早上看到你这个项目,我想我们应该能给你提供一些脱敏的数据来加强训练,目前我们有几百万的医生病例讨论及用户在线咨询。

如果方便请联系我 [email protected]
lkxlaz
    99
lkxlaz  
   2018-06-13 12:29:16 +08:00 via Android
厉害 支持!
F1024
    100
F1024  
   2018-06-13 12:33:25 +08:00
哇哇哇 真正的人才 比那些挖矿投机的 高了不止百倍
1  2  3  4  
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