尽管你可能在这个项目上投入了大量心血而没有获得任何回报，但是你的项目里附带的许可协议是这样的（译文）：

特此授予任何人免费获得本软件和相关文档文件（“软件”）副本的许可，不受限制地处理本软件，包括但不限于使用、复制、修改、合并、发布、分发、再许可和 /或出售软件的副本的权利，并允许向其提供软件的人员这样做，但须符合以下条件：

上述版权声明和本许可声明应包含在软件的所有副本或重要部分中。

该软件“按原样”提供，不提供任何形式的明示或暗示的保证，包括但不限于适销性、特定用途的适用性和不侵权的保证。在任何情况下，作者或版权持有人均不对任何索赔、损害或其他责任承担任何责任，无论是在合同诉讼、侵权行为或其他方面，由软件或软件的使用或使用或其他原因引起的或与之相关的软件。
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第一段是你授权给用户的权利，第二段是对用户的约束和限制，第三段是免责声明。

因此，你已经向所有用户授予了这几项权利：修改、分发、再许可、出售软件的副本。
仅需满足一个条件：在软件中提供一份你的 https://github.com/imxieyi/waifu2x-ios/blob/master/LICENSE 原文。

所以，对于 MAS 上面的 Waifu2x 应用，开发商确实有权利这么做而不违法。我没有购买这个应用，不知道里面有没有包含许可协议原文。如果没有，只要开发商补一份协议原文放在软件中（其实，放在软件的程序目录下也满足了约束条件），那么开发商就已经完全合法了。
这个约束实在是太容易满足了，成本约等于 0 。

关于 Waifu2x 这个名称，协议中并没有约束用户不得以相同名称来分发软件。原作者同样也没有阻止你使用这个名字在 iOS App Store 上发布应用。

对于 App Store 那边的情况，因为苹果并不能掌握每个项目的来龙去脉，需要通过沟通消除误解。不过，对方确实拥有了来自著作权人的许可，许可就在你的项目文件里。

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如果你的本意是不希望其他人将你的代码拿去商用，那么不能选择任何自由软件协议，包括 GPL 。虽然在 iOS 上可能会因为设备封闭性导致 GPL 的约束条件没法满足。
如果你一开始使用 GPL 协议分发这个软件，用户依然可以直接把你的软件拿去上架 MAS 卖钱，而不违法。他只需要附带软件源码并以 GPL 兼容的协议授权即可。（很可能就是你项目的源码下载下来稍微改了改名字罢了，成本也是约等于 0 ）

这不是用户不道德，这是你给予用户的权利。